En la masonería se proclama y se defiende el principio masónico de la absoluta libertad de conciencia por lo que admite en su seno a los hombres de todas las ideas religiosas y políticas. Comprendiendo qué la razón humana es el medio de investigación de la verdad y de la causa suprema. Respeta la ideología de cada persona en lo político, y en lo religioso que cada cual rinda culto a Dios conforme a sus creencias. Aceptando que cada persona tiene una concepción distinta del mundo y de la vida, con la cual interactúa en la sociedad, siendo que la única ley que debe propagarse y defenderse en el mundo masónico y en el medio profano es la libertad de conciencia.
Toda vez que la conciencia es el Censor perenne o Juez interno de los actos del hombre, el maestro que guía en el peligroso camino de la vida y castiga implacablemente, destrozando el corazón con el remordimiento. Por lo que él Masón para poder ser llamado hombre de conciencia debe sublimar sus actos con una conducta sustentada en la instrucción, moralidad, amor al perfeccionamiento humano y espíritu fraternal.
Evitando el Fanatismo por ser un extravío moral en cual por exaltar el culto a una idea se obscurece la inteligencia y se nubla a la razón incapacitando al hombre para acceder a la conciencia. Que en lo religioso conduce a la superstición, despierta el odio del hombre hacia el semejante que piensa diferente, como consecuencia acontecen persecuciones y derramamiento de sangre como en la santa inquisición, que en el nombre de la fe se destruyo el sentimiento de piedad, y en lo político, al despertar las malas pasiones, la avaricia, envidia, la adulación, el servilismo, la abyección y la inmoralidad.
Como Masones no proclamamos la Tolerancia, sino la libertad de culto y política en toda la extensión de la palabra, por lo que se debe defender y propagar este principio en la sociedad profana para lograr que se convierta en política de Estado. Toda vez que tolerancia no indica progreso sino debilidad del poder, al mirar al que piensa diferente como farsante despreciable. Lo que confronta a los hombres, y creando una guerra disimulada, al considerar a los disidentes como rebeldes o atrevidos a quienes no se les puede reducir por la fuerza sin que peligre la unidad del Estado.
Puede considerarse que el profano al encontrarse en tinieblas, el odio, la envidia y la hipocresía dominan su conciencia, negando la verdad, la justicia y la fraternidad. En cambio el Masón, al actuar sometido a los dictados de la conciencia, su pensamiento es puro, y sus actos irreprensibles, porque descubren la verdad a través de la luz de la razón. Y es la conciencia la que les permite armonizar en sus actos mediante la virtud, el deber, el honor, y el talento, cualidades que permiten encumbrar a un hombre sobre otro.
La Tolerancia no indica progreso, sino debilidad de poder. Esta frase me llamó mucho la atención. Porque yo soy una persona débil y no sé cómo defenderme. Porque la vez que me defendí, fui a parar a la cárcel.